In Batman: Arkham City neemt Batman het opnieuw op tegen de gestoorde Joker, die samen met zijn handlangers de stad Gotham City terroriseert. Er is inmiddels een jaar verstreken sinds de gebeurtenissen uit het vorige deel, Batman: Arkham Asylum, en de gevangenen hebben nu vrij spel in de stad.

Het is aan Batman om de straten van Arkham weer te ontdoen van al het gespuis. Terwijl hij waakt over de stad, raakt hij verwikkeld in een plan van schurk Two-Face om Catwoman te vermoorden.