Contrairement à une idée souvent répandue, Mugen n'est pas une filiale de Honda. Il s'agit d'une entreprise financièrement indépendante, même si, de par les liens familiaux (Hirotoshi Honda, fondateur de Mugen est le fils de Soichiro Honda, fondateur de la marque Honda), les connexions sont multiples entre les deux sociétés.

Mugen s'est longtemps spécialisé dans la préparation des voitures Honda, qu'il s'agisse de modèles destinés à la commercialisation ou à l'engagement en compétition. Cette activité a trouvé son prolongement dans la mise sur pied de programmes sportifs autonomes. Mugen a ainsi notamment conçu des moteurs de F3000 et de Formule 3.

Mugen s'est également impliqué en Formule 1 dès 1991. Alors que Honda se lançait dans la conception d'un moteur V12, Mugen préparait pour le compte de l'écurie Tyrrell les V10 Honda utilisés précédemment par McLaren, le moteur conservant l'appellation Honda. À partir de 1992, le moteur a été renommé Mugen-Honda pour équiper l'écurie Footwork. Si l'engagement originel de Mugen en Formule 1 consistait en une simple préparation de moteurs Honda, il a évolué peu à peu fin 1992 quand Honda s'est retiré officiellement de la F1.

Mugen a alors conçu en interne de nouveaux moteurs, avec, il est vrai, l'assistance technique bienveillante de Honda. Après Arrows, Mugen a ainsi équipé avec succès les écuries Ligier (victoire d'Olivier Panis au Grand Prix de Monaco 1996), puis Prost Grand Prix et enfin Jordan (victoire de Damon Hill en 1998 et deux succès de Heinz-Harald Frentzen en 1999).